เรื่องราวของโลกปัจจุบันที่มนุษย์กลายพันธุ์คือความหวาดกลัวของมนุษย์ธรรม ทำให้ถูกตามล่าและจับกุม โดยกองกำลังหุ่นยนต์ยักษ์เซ็นติเนลของ โบลิวาร์ ทราสก์ (Trask Industries) ทำให้ความอยู่รอดของเหล่ามนุษย์กลายพันธุ์คือการส่งวูล์ฟเวอรีนย้อนเวลากลับไปแก้ไขอดีตซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นของเหตุการณ์ในอนาคต! ด้วยความสามารถของโปรเฟสเซอร์ X และได้รับความร่วมมือกับคู่ปรับตลอดกาล แม็กนีโต